Fin dalla nascita microrganismi materni e ambientali colonizzano le mucose del neonato che comunicano con l‘ambiente: l’intestino, la cute, la cavità orale, le alte e le basse vie aeree. La composizione del microbioma si modifica in seguito a fattori fisiologici (genetica, etnia, regime alimentare, ambiente) e patologici (obesità, malattie, stress, dieta alterata). La composizione quali-quantitativa del microbiota è sensibilmente condizionata da numerosi fattori già a partire dalla nascita. Nei diversi organi così si costituiscono specifici ecosistemi microbici autoctoni, noti con il termine di microbiota che continuano a evolvere nelle fasi successive della vita. Tali ecosistemi, prevalentemente batterici, in condizioni fisiologiche (eubiosi) tendono a un equilibrio dinamico nella loro composizione quali-quantitativa. In questa situazione di equilibrio si crea, indotta dai microrganismi, una stabilità ecologica (capacità di resistere a cambiamenti della comunità microbica o di ripristinarne la composizione) che si accompagna alla presenza di specifici pattern batterici o vantaggiosi profili funzionali dell’ospite (metabolici, immunitari). In una situazione invece di mancato o alterato equilibrio, definito come disbiosi, si viene a creare una profonda alterazione della composizione del consorzio microbico, con modificazioni dell‘attività metabolica batterica. La disbiosi si realizza per svariati motivi, infezioni, terapia antibiotica, dieta squilibrata, stress e comporta una risposta del microbiota alterata anche agli insulti microbiologici e una modificazione della risposta immunitaria.
Alla luce di quanto detto, negli ultimi anni molta attenzione è stata posta al ruolo del microbioma intestinale nel modellare lo sviluppo del sistema immunitario nel neonato nelle prime fasi di vita e poi nel bambino, con la capacità di differenziare e sviluppare le risposte sia dell’immunità innata che acquisita. Il microbioma intestinale può influenzare a sua volta la composizione microbica nelle diverse nicchie biologiche a livello d’organo (intestino, polmone, cavità orale, vie aeree superiori) (microbioma d’organo).